РНК очищали с помощью NEBNext Poly(A) mRNA Magnetic Isolation Module
(New England BioLabs, #E7490). Для приготовления библиотек
использовали кит NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit for Illumina
(New England BioLabs, #E7770). Библиотеки секвенировали с помощью
Illumina NextSeq 500 in single read mode with read length 76 bp.

Ядра в образце GV-K очищены от цитоплазмы практически идеально, на
этот образец стоит ориентироваться при анализе внутриядерных РНК.

Как мы договорились, результаты анализа транскриптома ядер и
цитоплазмы ооцитов курицы мы публикуем перед публикацией или
представлением на конференциях (в том числе студенческих) результатов
по сравнению данных RNA-seq, scHi-C или метилома. В свою очередь мы
стараемся опубликовать результаты анализа транскриптома как можно
скорее. После этого на них можно будет сослаться в работе по картам
контактов хроматина хромосом типа ламповых щеток.

Кроме того, так как нам будет необходимо отчитываться результатами
RNAseq по гранту, большая просьба, как мы обсуждали, до их публикации
не включать в отчеты по другим грантам результаты сравнительного
анализа с данными RNAseq. Иначе рецензенты могут указать на двойное
использование результатов в разных проектах.

Посылаю также презентацию Тани К. с совместного семинара. На всякий
случай уточняю, что в этой презентации используются неопубликованные
данные 2D-FISH. Будем рады обсудить более подробные результаты
сравнительного анализа данных RNAseq с картами контактов хроматина,
когда вы их получите.