#!/usr/bin/env bash
set -euo pipefail

# директория, где лежат файлы merged_nodups
WORK_DIR="/path_to_the_samples"           
# директория, где лежат скрипты
SCRIPT_DIR="/path_to_the_script"          
samples=("sample1" "sample2" "sample3")   

cd "$WORK_DIR"
for sample in "${samples[@]}"; do
    in_file="$WORK_DIR/$sample/aligned/merged_nodups.txt"
    out_file="${sample}_awk_stats.txt"

    awk -f "$SCRIPT_DIR/cis_inter_stats.awk" "$in_file" > "$out_file"
done
awk -f "$SCRIPT_DIR/awk_table.awk" *_awk_stats.txt > awk_stats_table.tsv
