* в файлах cutadapt_*_.sh.o... содержится статистика о том сколько нашлось иллюминовских адаптеров и сколько нашлось наших адартеров ada1 и ada2 (это праймер + кусок транспозона)
* в папке align в папках с названиями сэмплов для каждого сэмпла есть следующие файлы:
		- sample_nodup.sorted.bam  bam файл с удалёнными дупликатами тем способом, который мы утвердили в последний раз
		- sample_nodup.sorted.bam.bai  индекс файла выше
		- sample_nodup.modifyed.bedgraph  это bedgraph файл всех покрытых мест, я его получала инструментом bedtools genomecov + своим скриптом, который объединяет все покрытые места, находящиеся не дальше чем 150 букв. В результате такого объединения столбец с покрытием в этом файле НЕ отражает реальное покрытие
		- sample_nodup_above_mapq30.sorted.bam bam файл с удалёнными дупликатами и только с ридами укоторых mapq>30
		- sample_nodup_above_mapq30.sorted.bam.bai  индекс файла выше
		- sample_nodup_above_mapq30.bedgraph  bedgraph файл по аналогии с sample_nodup.modifyed.bedgraph
* в папке stat лежат файлы с покрытиями для каждого сэмпла и перестроенными ридами
		- depth_sample_nodup.out  файл с настоящим покрытием, по сути это тот же файл sample_nodup.modifyed.bedgraph только с нормальным покрытием. Покрытие считается так: я беру и прочто считаю все риды, попадающие в конкретный интервал. Парные риды считаются за 2.
		- rearr_sample_nodup.out  файл с перестройками. Depth для каждой встройки берётся из файлов depth_sample_nodup.out, поэтому эти значения должны совпадать. Количество перестроенных ридов считается по уникальным именам ридов, у которых есть мэйт или сапплементари в другой встройке. Таким образом, если, например, у рида есть сапплементари во встройке №2, а сам он и его мэйт выравниваются на встройку №1, то мы посчитаем 1 перестроенный рид. Если же рид выравнивается на втройку №1, а его мэйт и сапплементари на встройку №2, то мы также посчитаем один перестроенный рид.
		- depth_sample_nodup_above_mapq30.out по аналогии с depth_sample_nodup.out, только для ридов без дупликатов и mapq>30
		- rearr_sample_nodup_above_mapq30.out по аналогии с rearr_sample_nodup.out