Выравнять образцы NIPT и, вместе с предыдущими, посмотреть на покрытие Y-хромосомы. Если получится - запустить NiPTUNE.
P26 - это ПЦР-продукты перестроек пациентов. Их нужно выровнять на геном hg19 и выложить bam/bai на genedev. Cделать при помощи deeptools bigWig с coverage и положить туда же. Потом написать Маше, она посмотрит, что там получилось.
Для образцов Kl-DNA, Kl-lig, T3, T7 нужно посчитать Hi-C-статистики (без сайта рестрикции, геном hg19) и поискать адаптеры при помощи fast-context.

поискать:
ME - CTGTCTCTTATACACATCT
EM - AGATGTGTATAAGAGACAG
B - CCGAGCCCACGAGAC
b - GTCTCGTGGGCTCGG
A - TCGTCGGCAGCGTC
a - GACGCTGCCGACGA
маленькая буква = реверс комплимент
k-mer 15 bp
посчитать доли:
bf--br
br--bf
af--ar
ar--af
среди cis и trans
среди F-F, R-R, F-R, R-F
E2 - это эмбрион человека, нужно посчитать Hi-C-статистики (сайт DpnII, геном hg19)
Описание образцов: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BZ0jkzNa3E2Vk9harDn6gt2d_X60htX0/edit#gid=1140155252