WORK_DIR=/sf/storage/gmo/hic/out/_RawReads/2024_05_29_ENC
cd $WORK_DIR;
declare -a samples=("63-2_C20_S201" "63-2_C21_S202" "63-2_C25_S206" "63-2_C27_S208") #названия образцов
for sample in "${samples[@]}"
do
gunzip $WORK_DIR/${sample}_R1_001.fastq.gz $WORK_DIR/${sample}_R2_001.fastq.gz #команда, которая распаковывает сжатые файлы в формате
[ -d stat ] || mkdir /sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/2024-05-29/yellow/align_paired
bwa mem /storage2/artemS/hg38/hg38.fa /sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/2024-05-29/yellow/align_paired/${sample}_R1_001.fastq /sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/2024-05-29/yellow/align_paired/${sample}_R2_001.fastq > /sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/2024-05-29/yellow/align_paired/align_paired/${sample}.sam #bwa mem **путь на геном** **путь к fastq файлу R1** **путь к fastq файлу R2** > **путь к файлу sam (куда положить выравнивание)
samtools view -b -h /sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/2024-05-29/yellow/align_paired/align_paired/${sample}.sam > /sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/2024-05-29/yellow/align_paired/align_paired/${sample}.bam #переделать sam в bam
samtools sort /sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/2024-05-29/yellow/align_paired/align_paired/${sample}.bam > /sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/2024-05-29/yellow/align_paired/align_paired/${sample}.sorted.bam #отсортировать bam
samtools index /sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/2024-05-29/yellow/align_paired/align_paired/${sample}.sorted.bam #сделать индекс для отсортированного bam файла
done