#!/bin/bash
WORK_DIR="/sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/Pig/raw/FTM_03_03_25/"
cd $WORK_DIR || { echo "Невозможно перейти в директорию $WORK_DIR"; exit 1; }

# Объявление образцов без R1 и R2, только общие части
samples=("5P241117071US2S2665DX_PEF_5_GG_L00" "5P241117071US2S2665DX_PEF_5_CM_L00" "5P241117071US2S2665DX_PEF_5_B5_L00" "5P241117071US2S2665DX_PEF_4_GG_L00" "5P241117071US2S2665DX_PEF_4_CM_L00" "5P241117071US2S2665DX_PEF_4_B4_L00")

# Создание директории для выравнивания, если её ещё нет
mkdir -p ${WORK_DIR}/align_paired

for sample in "${samples[@]}"; do
    echo "Обрабатываем образец: ${sample}"
    echo "=========="

    # Выполняем выравнивание
    bwa mem /sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/pig_genome/GCF_000003025.6_Sscrofa11.1_genomic.fna ${WORK_DIR}/${sample}_R1.f*q.gz ${WORK_DIR}/${sample}_R2.f*q.gz > ${WORK_DIR}/align_paired/${sample}.sam

    # Преобразуем SAM в BAM
    samtools view -b -h ${WORK_DIR}/align_paired/${sample}.sam > ${WORK_DIR}/align_paired/${sample}.bam 

    # Сортируем BAM
    samtools sort -o ${WORK_DIR}/align_paired/${sample}.sorted.bam ${WORK_DIR}/align_paired/${sample}.bam 

    # Индексируем отсортированный BAM файл
    samtools index ${WORK_DIR}/align_paired/${sample}.sorted.bam 
done