WORK_DIR=/sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/Pig/raw/2024-05-29
cd $WORK_DIR;
declare -a samples=("BLM_pigGGTA_S65" "Th_pigGGTA_S64") #названия образцов
for sample in "${samples[@]}"
do
#gunzip $WORK_DIR/${sample}_R1_001.fastq.gz $WORK_DIR/${sample}_R2_001.fastq.gz #команда, которая распаковывает сжатые файлы в формате
[ -d stat ] || #mkdir /sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/Pig/2024-05-29/align_paired
bwa mem /sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/pig_genome/GCF_000003025.6_Sscrofa11.1_genomic.fna $WORK_DIR/${sample}_R1_001.fastq $WORK_DIR/${sample}_R2_001.fastq > $WORK_DIR/align_paired/${sample}.sam #bwa mem **путь на геном** **путь к fastq файлу R1** **путь к fastq файлу R2** > **путь к файлу sam (куда положить выравнивание)
samtools view -b -h $WORK_DIR/align_paired/${sample}.sam > $WORK_DIR/align_paired/${sample}.bam #переделать sam в bam
samtools sort $WORK_DIR/align_paired/${sample}.bam > $WORK_DIR/align_paired/${sample}.sorted.bam #отсортировать bam
samtools index $WORK_DIR/align_paired/${sample}.sorted.bam #сделать индекс для отсортированного bam файла
done