WORK_DIR=/sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/Pig/raw/2024-07-26-BGI-POOLB
cd $WORK_DIR;
declare -a samples=("1_L1" "2_L1" "3_L1" "4_L1" "5_L1" "6_L1" "7_L1" "8_L1" "9_L1" "10_L1" "11_L1" "12_L1" "13_L1" "14_L1" "15_L1" "16_L1" "17_L1" "18_L1" "19_L1" "20_L1" "21_L1" "22_L1" "23_L1" "24_L1" "25_L1" "26_L1" "27_L1" "28_L1" "29_L1" "30_L1" "31_L1") #названия образцов
for sample in "${samples[@]}"
do
gunzip $WORK_DIR/${sample}_1.fastq.gz $WORK_DIR/${sample}_2.fastq.gz #команда, которая распаковывает сжатые файлы в формате
[ -d stat ] || mkdir /sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/Pig/2024-05-29/align_paired
bwa mem /sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/pig_genome/GCF_000003025.6_Sscrofa11.1_genomic.fna $WORK_DIR/${sample}_1.fastq $WORK_DIR/${sample}_2.fastq > $WORK_DIR/align_paired/${sample}.sam #bwa mem **путь на геном** **путь к fastq файлу R1** **путь к fastq файлу R2** > **путь к файлу sam (куда положить выравнивание)
samtools view -b -h $WORK_DIR/align_paired/${sample}.sam > $WORK_DIR/align_paired/${sample}.bam #переделать sam в bam
samtools sort $WORK_DIR/align_paired/${sample}.bam > $WORK_DIR/align_paired/${sample}.sorted.bam #отсортировать bam
samtools index $WORK_DIR/align_paired/${sample}.sorted.bam #сделать индекс для отсортированного bam файла
done