WORK_DIR=/sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/Pig/raw/FTM_01_25_pig/
cd $WORK_DIR;
declare -a samples=("5P240630010US2S2666SX_116_L00" "5P240630010US2S2666SX_117_L00" "5P240630010US2S2666SX_118_L00" "5P240630010US2S2666SX_119_L00" "5P240630010US2S2666SX_120_L00" "5P240630010US2S2666SX_121_L00" #названия образцов без R1 и 2, только общие части
for sample in "${samples[@]}"
do
gunzip $WORK_DIR/${sample}_R1.fastq.gz $WORK_DIR/${sample}_R2.fastq.gz #команда, которая распаковывает сжатые файлы в формате
[ -d stat ] || mkdir /sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/Pig/FTM_01_25_pig/align_paired
bwa mem /sf/storage/gmo/hic/out/by_User/KhabarovaAnya/pig_genome/GCF_000003025.6_Sscrofa11.1_genomic.fna $WORK_DIR/${sample}_R1.fastq $WORK_DIR/${sample}_R2.fastq > $WORK_DIR/align_paired/${sample}.sam #bwa mem **путь на геном** **путь к fastq файлу R1** **путь к fastq файлу R2** > **путь к файлу sam (куда положить выравнивание)
samtools view -b -h $WORK_DIR/align_paired/${sample}.sam > $WORK_DIR/align_paired/${sample}.bam #переделать sam в bam
samtools sort $WORK_DIR/align_paired/${sample}.bam > $WORK_DIR/align_paired/${sample}.sorted.bam #отсортировать bam
samtools index $WORK_DIR/align_paired/${sample}.sorted.bam #сделать индекс для отсортированного bam файла
done



